眼子菜是一種多年生水生草本植物。根狀莖發達，白色，直徑1.5-2毫米，多分枝，通常在頂部形成紡錘形休眠芽，在節處生長稍密的須根。莖圓柱形，直徑1.5-2毫米，通常不分枝。浮葉革質，披針形，寬披針形到卵狀披針形，長2-10厘米，寬1-4厘米，先端尖或鈍，基部鈍或有時近楔形，具5-20厘米長的莖；葉脈多，頂端相連；沉水葉披針形到狹披針形，草質，具葉柄，通常早落；托葉為膜質，長2-7厘米，頂端鋒利，莖鞘狀。穗頂生，有多輪花，開花時伸出水面，開花后沉入水中；花序梗稍膨大，比莖粗，開花時直立，花后自基部彎曲，長3-10厘米；花小，被子4，綠色；雌蕊2（罕見的1或3）。果實寬倒卵形，長約3.5毫米，背部有明顯的3個脊，中間有尖銳的脊，果實上部有明顯的突起，側脊稍鈍，基部和上部各有2個突起，喙稍凹，斜伸。花果期為5月至10月。